TP - Programmation Python pour la BIOInfo

L'évaluation de ce projet se fera par une présentation orale de votre programme ainsi que la remise des délivrables suivants :

• Code complet du projet

• Documentation (Code commenté, Manuel d'utilisation, Documentation Sphinx... )

• Rapport explicatif des différents choix pris, des difficultés rencontrées, des solutions apportées...

Vous aurez 5 TPs pour réaliser ce travail avant la présentation et la remise des délivrabables.

Ce travail est individuel.

Le programme créé devra être capable d'accomplir les fonctionnalités suivantes

• Charger les fichiers ADN de 10 individus dans les fichiers au format GenBank fournis a cette adresse.

• Afficher les informations qui vous semblent pertinentes pour un individu.

• Afficher la liste des différences de nucléotides entre deux individus dans un format permettant une lecture facile à l'écran.

• A partir d'un individu, retourner l'individu le plus proche parmi tout ceux chargés.

• Grouper les individus 2 par 2 pour que chacun se retrouve avec son homologue le plus proche

• Généraliser la fonction précédente pour les grouper n par n, avec n passé en paramètres

• Lorsque vous aurez atteint ce point, la suite vous sera dévoilée...

Les données sont accessibles ici.

TOTO