TP - Programmation Python pour la BIOInfo

Exercice

  • Lire une séquence ADN au format FASTA stockée dans un fichier :

    (a) faites fonctionner votre programme quand le fichier est constitué d'une seule séquence FASTA

    (b) adaptez-le pour pouvoir gérer plusieurs séquences.

  • Se constituer une bibliothèque de fonctions élémentaires et les stocker dans un fichier bibliothèque python.

  • Utilisez l'appel a cette bibliothèque dans vos programmes.Coder des fonctions en utilisant des expressions régulières permettant de :

    (a) transformer des codons en acides aminés

    (b) transformer une séquence ADN en protéines (utiliser un sous-programme qui permet de commencer à un index précis et traiter une longueur donnée de bases)

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